EVENTO
EFEITO DA IDENTIFICAÇÃO DE ISOFORMAS NA MODELAGEM DE VIAS METABÓLICAS RELACIONADAS À DEFESA VEGETAL.
Tipo de evento: Exame de Qualificação
Em eucariotos, o processo da transcrição gênica origina inicialmente um transcrito primário ou pré-RNAm, uma sequência de RNA que contém todos os éxons e íntrons. O splicing alternativo é o mecanismo eucariótico através do qual este transcrito primário é processado, geralmente através da remoção de íntrons e junção de éxons em diferentes combinações, podendo assim gerar diferentes transcritos a partir de um único gene. Os eventos de splicing alternativo podem ser dos seguintes tipos: sítio 5' alternativo, sítio 3' alternativo, salto/inclusão de éxon ou retenção de íntron, sendo este último o tipo mais comum em plantas. Tais eventos podem se combinar de diferentes maneiras, gerando isoformas características de determinado tecido ou condição fisiólogica, que poderão originar proteínas com diferentes funções a partir de um único gene. Entretanto, o splicing alternativo atua não só aumentando a diversidade de proteínas do organismo mas também na regulação de seus níveis de expressão, através do mecanismo de decaimento "non-sense". Com o surgimento das técnicas de sequenciamento de nova geração, incluindo o sequenciamento de transcriptomas (RNA-Seq), as estimativas da frequência de ocorrência de splicing alternativo em espécies vegetais como Arabidopsis thaliana e Oryza sativa vem aumentando, reforçando a importância de novos estudos com diferentes tecidos, estágios de desenvolvimento e condições, especialmente para as espécies não-modelo. Entretanto, a caracterização acurada dos eventos de splicing alternativo e isoformas a partir dos dados de RNA-Seq ainda é um desafio em função da falta de uma sequência de referência de qualidade para muitas espécies, da baixa e heterogênea cobertura das sequências e dos baixos níveis de expressão de certas isoformas. Vários trabalhos mostram a importância do splicing alternativo para respostas a estímulos diversos, no desenvolvimento e defesa vegetal. Assim, este trabalho terá como objetivo principal a modelagem de vias metabólicas envolvidas com a defesa vegetal, como as vias de resistência sistêmica adquirida e de resposta de hipersensibilidade, utilizando dados de RNA-Seq. Para isso, serão gerados, separadamente, modelos com e sem a detecção prévia de isoformas. Desta maneira, numa abordagem comparativa, pretende-se avaliar o impacto que a identificação de isoformas tem na modelagem de vias metabólicas. Além disso, o maior entendimento sobre a contribuição do mecanismo de splicing alternativo para a resposta de defesa vegetal é também objetivo deste trabalho. Como resultado, esperamos obter modelos mais detalhados e completos para as vias de defesa de plantas.
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica
Endereço: Getúlio Vargas Av., 333, Quitandinha Petrópolis - Rio de Janeiro CEP 25651-075 - Brasil
Telefone: (24) 2233.6004
Data Início: 21/11/2013 Data Fim: 21/11/2013
Aluno: Fernanda alves de Freitas Guedes - LNCC - LNCC
Orientador: Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Artur Ziviani - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Fabio Andre Machado Porto - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Marcelo Trindade dos Santos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
